Koffie wordt gemaakt van de ontvelde, gedroogde, geroosterde en gemalen zaden van de koffieplant. Deze zaden worden koffiebonen genoemd maar botanisch gezien is dit niet juist. De vrucht van de koffieplant is een steenvrucht. Dat is een vrucht met een dikke harde pit en een dun laagje vruchtvlees. Deze pit (oftewel zaad) lijkt echter sterk op een boon wordt daarom koffieboon genoemd.
De bessen hebben zo'n acht maanden nodig voordat ze rijp genoeg zijn om geplukt te worden. In die acht maanden verkleuren ze van groen naar rood. Voor de duurdere koffie worden de bessen nog weleens selectief geplukt, maar meestal worden alle bessen geplukt, zowel de rode als de groene. Hierna volgt eventueel nog een selectie waarbij de mindere bessen worden weggegooid.
Hierna volgt een stap die het natte proces wordt genoemd. De bessen worden in een bassin met water gedaan. De onrijpe bessen blijven drijven en de rijpe zinken. Wanneer de onrijpe bessen eruit geschept zijn, moet bij de rijpe bessen het vruchtvlees verwijderd worden. Dit wordt gedaan door de bessen onder water door een rooster te persen. Het overige vruchtvlees laat men vervolgens fermenteren, wat een à twee dagen duurt. Hierna worden de pitten machinaal geborsteld tot ze schoon zijn van vruchtvlees.
Daarop volgt het droge proces. De vrijgekomen koffiebonen worden gedroogd in de zon, op een vloer of op een tafel. De bonen moeten om de paar uur omgeroerd worden. Dit is een delicaat proces, aangezien de bonen ook niet té droog mogen worden. Soms worden speciale ovens gebruikt om de bonen te drogen. Oorspronkelijk werd het natte proces overgeslagen en werden de bonen met vruchtvlees en al gedroogd; dit gebeurt ook nu soms nog wel.
Als de bonen gedroogd zijn, worden ze nogmaals geborsteld om de laatste ongewenste laagjes eraf te krijgen. Daarna worden ze gesorteerd op verschillende kwaliteitscriteria en vervolgens "gemelangeerd" (gemengd). Door het mengen van verschillende selecties tracht men een smaak te krijgen die door de jaren heen constant is, voor een bepaalde aankoopprijs.
Hierna volgt het koffiebranden. De bonen worden, met een beetje olie, in een speciale oven geroosterd totdat ze de juiste geur krijgen. Tijdens het roosteren ontstaan zo'n zevenhonderd verschillende chemische stoffen. Een deel van de gebrande bonen wordt gemalen, vacuüm verpakt, en geleverd aan winkels. Een ander deel wordt ongemalen verkocht.
Een speciale manier om koffie te bewerken is het aan zeelucht blootstellen van de nog ongebrande bonen; dit wordt de zogenaamde monsooned coffee. Door de tropische zeelucht worden de bonen minder zuur. Toen de koffie in Europa geïntroduceerd werd, was dit een vast onderdeel van het proces. De koffie moest immers vanuit Jemen helemaal om Afrika heen vervoerd worden. Toen het Suezkanaal geopend werd, viel dit proces weg. Bepaalde koffiesoorten worden echter nog steeds in open pakhuizen aan de kust blootgesteld aan zeelucht.
Om cafeïnevrije koffie te maken bestaan verschillende chemische processen. Deze cafeïne-extractie wordt uitgevoerd op de nog ongebrande bonen.